广州将军穆克德纳的阵亡、水师提督黄开广投降，令清军本就不高的士气更加低落，气急败坏的叶名琛下令让广州各商会、富户组织商团、民团抗击太平军，虽然还是有些富户、商人组建了商团民团帮助清军，但大部分的富户商人则是敷衍了事。
    广州作为一个开放的通商口岸，消息并不像内陆地区那么闭塞，这里的富户商人早就听闻洋人讲述过太平军的事迹，他们知道太平军在上海、宁波等地的所作所为都是保护私产、大力鼓励工商的，对于太平军取消了满清治下许多苛捐杂税、吏治清明，这些广州的商人们还是颇为向往的。
    而且太平军兵威赫赫，前些日子还和洋人打了一仗，虽然也不算打赢了洋人，但太平军敢于向洋人开炮令广州商民百姓们都觉得太平军比软骨头的清军好太多了。广州商民百姓们虽然和洋人做生意的颇多，但对洋人历来无好感。鸦片战争后，广州百姓们曾今阻止洋人进入广州城长达十余年，足见广州百姓对洋人是甚为讨厌，太平军南下之时，起初百姓们还道太平军是和洋人一伙的，但随后太平军和英国人爆发的冲突打破了这些猜忌。
    于是广州城出现了奇怪的景象，富户商人、乡野平民都在期待着太平军能赶快打进城来。到了最后叶名琛不得不派兵驱赶城内壮丁上城助守，并排除兵丁强行勒索富户商人捐献钱粮，结果导致更大的民怨沸腾。
    完成对广州外围要地的清扫之后，太平军三个师迅速分三面攻打广州城，这是围三缺一的战术，太平军并不像把清军逼急了令广州城受损过大，在萧云贵眼中，广州拿下之后就接着要继续发挥她通商口岸的作用的。
    清军都统来存、副都统双喜、总兵任安邦分别据守城东、城西和城南，结果仅仅抵抗了一个时辰，镇守城南的清军总兵任安邦首先开城投降。来存和双喜见城南失陷，急匆匆后撤，护着叶名琛、柏贵等一众广州官吏从城北逃遁。
    六月二十八日，太平军进占广州，从登陆万山群岛到占领广州城，太平军仅仅花了不到一个月的时间。是役，太平军死伤千余人，当中包括了和英国人冲突中死伤的官兵，而歼灭满清绿营、广州八旗兵、团练兵马共三万余人，当中大部分是清军投降。
    而叶名琛等清军官吏从北门出逃之后，在花县城南十余里的地方遭到太平军骑兵围歼，除了清军副都统双喜带领数百清军突围之外，其余清军自叶名琛以下，或死或降或生俘。
    指挥广州战役的正是太平军青年名将陈玉成，他是和罗大纲第二分舰队一起到达的广州，途中他就接到西王的密令，让他不必理会英国人继续攻占广州，若英军舰队再来寻衅，水师可以不记损失的坚决还击。是以陈玉成到了广州之后，迅速展开兵力横扫广州。
    也亏得第三师张文祥部先期打下的基础良好，陈玉成后续兵马在广州登岸时并没有遭到太大的抵抗，加上民心所向，广州之役便在短短的时日内结束了。
    攻占广州之后，陈玉成留下第二师一部兵力会同水师镇守广州，其余兵马分三个方向横扫广东。第一路是原小刀会将领陈阿林率领的第一师，他们向东攻打，准备打到福建和广东接邻之处，会同准备从福建南下的原红巾军陈开部兵马，一同围歼在潮州、梅州等地苟延残喘的福建巡抚王懿德、李廷钰部清军。第二路以陈知命的第二师一部为主力，往北横扫打通与江西的联系，清剿北部清军，争取让广东、福建和江西连成一片。第三路以张文祥的第三师为主力，往西攻打肇庆等地，准备进军广西。
    由于广州一役太平军忽然登陆作战，广东府道台总兵等高级将官悉数被太平军杀死或俘虏，清军在广东的指挥系统陷于瘫痪，各地清军互不统属，各自为战，结果自然是可想而知的。
    七月至八月间，太平军三路大军横扫广东，除了东路军在潮州、梅州等地遭到清军李廷钰部强力抵抗之外，其余各路都进展顺利。到得八月底，广东清军基本被肃清，梅州也被攻克，福建巡抚王懿德等官吏自杀，只剩下清军老将李廷钰镇守孤城潮州，但也是被太平军团团包围。
    广州被攻陷之后，萧云贵仿上海、宁波等通商口岸成例，单独成立了广州军政司治理广州，派遣卢贤拔接任广州军政司司长，李天熙为广州卫戍部队统兵大将，成立南海舰队，唐正财为舰队提督。而罗大纲率领大部分舰队返回上海之后，原来上海的舰队便升格为东海舰队。
    卢贤拔到任后，照搬了上海的成例，迅速接管海关，成立粤海关，废除苛捐杂税，鼓励工商发展，得到了广东商民百姓们的支持。同时广州富庶，仅仅在广州满清海关衙门内就搜出白银一百余万两，随着一大批广州官员的府衙被查抄之后，太平军总计得了五百余万两的钱粮财物。
    同时广州城内也有满城，太平军这一次并没有对广州的满城进行大肆屠戮，在攻入满城之后，除了将顽抗分子坚决剿灭之外，大部分满城的旗民们选择了投降，而太平军也接受了他们的投降。
    旗民们投降之后，财物大部分被查抄，十余万旗民被驱赶出满城，分散安置到广东几处较大的矿产区从事采矿等繁重的劳作。广州满城的旗民可以说并不富庶，到了鸦片战争后期，旗民们领取的钱粮日渐减少，到了咸丰初年更是直接生计困难。而从康熙年间开始，驻守广州的旗民兵丁就被严禁学习耕作手工技艺，这些人根本就没有一技之长，也无法从事任何生产，严禁从事工商活动。然后广州旗民严禁与外城百姓通婚，甚至严禁离城十里，这导致满城内的广州旗民们同外界基本上是没有什么社会接触的。
    对于这些没有社会关系，没有一技之长的旗民，太平军自然不可能让他们如此继续在广州城待下去，悉数安排到各大矿产从事简单的体力劳动便是最好的选择，在太平天国之内没有人可以享受不劳而获。
    于是十余万旗民开始了血泪的搬迁史，他们被太平军按家庭为单位分为数十批，每批数千或万余人不等，分别安置到广东、福建、江西等地去。一路上太平军只是供给最基本的口粮，旗民迁移艰难困苦，拖家带口、风餐露宿，哭喊声震四野，沿途押送的太平军也颇为于心不忍。
    其实广州旗民生活得并不太好，甚至比广州一些外城百姓都要糟糕，外城百姓还能有谋生手段，他们就只能靠微薄的旗丁钱粮生存，如今他们经历的苦难也只能怪他们崇尚弓马的祖先了，要不是强加给他们的种种所谓祖制，他们也不会落到如斯田地。
    后来这些旗民们在各地从事矿产开采等繁重的劳作，随后又有大批旗民参与到闽广铁路的修建当中，总算有一技之长可以生存，到得太平天国统一全国颁布《定国是诏》之后，旗民们才重新开始享受一个国家公民能够享受的一切权利和待遇，但那时候的旗民已经因为繁重的劳作和长期营养不良而锐减，此乃后话。
    旗民们的迁移途中也发生过几次较大的暴动和逃亡，但都被太平军给迅速镇压，由于旗民们和外界社会长期脱节，他们缺少同情者，甚至普通百姓都拿这些昔日的旗丁老爷们当怪物看，没人支持和同情，所以旗民们的反抗也是极为脆弱的。后来除了少数遗老遗少撰文记述过旗民迁移的血泪史之外，天国正史中的记述仅仅是简单的几句话：“时月广州光复，迁满城旗民十余万散于南疆三省各地，令其各自以开矿、修路谋生……”
    叶名琛等满清官吏被俘之后，走海路跟随罗大纲部舰队送往上海，随后解送天京。在上海等地，叶名琛等被俘清军官吏看到了上海惊人的变化，先不说上海那繁华的十里洋场和对岸欣欣向荣的国内工商业新区，就连后来前往苏州也是坐的西洋火车，令这些满清官吏们大开了眼界。
    萧云贵这样做是有目的的，随着太平天国的兵威攻势日盛，往后投降或者主动归降、易帜的满清官吏会越来越多，这个时候就不能一味的抓到满清官吏就杀了，毕竟能减少损失让敌人主动投降是非常必要的，于是萧云贵需要千金买马骨。
    但唯独叶名琛和柏贵两人萧云贵没有给予优待，当年广东天地会起义失败之后，叶名琛和柏贵在广东屠戮起义军的家属妇孺，甚至滥杀无辜甚多，这两人是要审判后明正典刑的。而向主动投降的水师提督黄开广、总兵任安邦，被俘的布政使江国霖与按察使周起滨等官吏是可以用的。
    当中特别是江国霖此人，他为官20余年，一生清廉，所到任上，一心关心人民疾苦，严惩贪官污吏。历史上江国霖在1858年擢升为广东巡抚，他更是勤政爱民，事必躬亲，严厉整顿吏治，因而得罪了不少官僚和贪官。他们买通朝廷权贵，对江国霖进行诬陷，不久江国霖即被弹劾落职，移驻惠州。惠州父老闻江国霖至，狂走相告。据《大竹县志》记载，当时“老者扶杖迎道左，妇女儿童嬉嬉倚茅檐，窃窥大人颜色；户户张彩焚香，爆竹声响彻十里”。江国霖进入行馆后，郡民敬送的槟榔、椰粟等物品充盈户外，感恩问候者踵接肩摩而至。郡民这样盛情迎接一位卸任官员，在惠州历史上仅此一次。江国霖寓惠数月后返回家乡，不久病逝，年仅50岁。
    像江国霖这样的官吏是可用任用的，而前提就是他们要放下心中原来的满清主子。现在的萧云贵不但热衷于权力，更加热衷于将自己的意志强加给别人，能把一位敌方官员武将收为己用，萧云贵就会觉得更加有成就感。于是，江国霖等人顺道游览了上海、苏州等地才解送天京。